Iha 30 Agostu, 1999, ho tulun husi Sekretáriu-Jerál ONU nian, Kofi Annan, Timor hala’o konsulta populár hodi Timoroan sira bele hili, liuhusi votu, entre aneksasaun ba Indonézia ka independénsia. Timoroan sira maioria – liu 80% – vota ba independénsia. Indonézia tulun grupu “milisia ba integrasaun” no forsa armada Indonézia nian hatán ho violénsia maka’as no sunu infra-estrutura no oho ema barak iha territóriu tomak. Populasaun katoluk ida mak forsadu atu halai ba kampu refujiadu iha Timor Osidentál no rai-kotun seluk besik Timor. Populasaun katoluk ida tan buka hakmahan-fatin iha foho. Ema na’in-1.000 to’o 2.000 mate iha violénsia. Edifísiu 85% — inklui negósiu-fatin, eskola, rahun hotu. Sira sunu rede-ikan, sobu ka na’ok kamiaun no lori ba Timor Osidentál, na’ok ka oho karau ne’ebé uza atu hala’o serbisu iha to’os. Ho tulun husi Estadus Unidus no Austrália, Konsellu Seguransa Nasoins Unidas nian fó autorizasaun ba forsa multinasionál (INTERFET), iha estrutura komandu Austrália nia okos, hodi harii fali pás no seguransa iha rai-kotun. ONU mós hasai operasaun umanitáriu boot liuhusi kria kondisaun hanesan uma temporáriu, ai-han no kuidadu saúde. Iha 25 Outubru, 1999, Konsellu Seguransa ONU nian estabelese Administrasaun Tranzitória Nasoins Unidas nian ba Timor-Leste (UNTAET) nu’udar operasaun integradu, multidimensionál hodi mantein pás no hodi kaer responsabilidade ba administrasaun Timor nian durante tranzisaun ba independénsia.